pukiwiki.orgの「続・質問箱/194」に書いてあるのが最新のようでした。
　でも私が使っているのは、1.4.5なので、この「table_align_143.diff」を見ながら修正しました。

　ちなみに「table_align_143.diff」の40行目は誤りだと思います。

+$rows = $this->wrap($rows, 'table', ' class="style_table_'.$this->align.' cellspacing="1" border="0"');

となっていますが、

+$rows = $this->wrap($rows, 'table', ' class="style_table_'.$this->align.'" cellspacing="1" border="0"');

ではないでしょうか。

1.4.5で修正した差分は、lib/convert_html.php と　skin/ pukiwiki.skin.php　の２つです。なお、タブコードが抜けているので、この内容をコピペしてファイルを作ってpatchに食べさせてもだめです。ほんの少しなんで、マニュアル操作してください。
　また、オリジナルの修正同様、IE6ではセンタリングになってしまいます。Firefoxで動作することを確認しました。

*** convert_html.php.orig       2005-01-21 22:17:16.000000000 +0900
--- convert_html.php    2005-09-07 12:45:37.000000000 +0900
***************
*** 4,9 ****
--- 4,11 ----
  //
  // function 'convert_html()', wiki text parser
  // and related classes-and-functions
+ //
+ // modified 2005.09.07

  function convert_html($lines)
  {
***************
*** 539,544 ****
--- 541,547 ----
        var $type;
        var $types;
        var $col; // number of column
+       var $align = 'center'; // add 2005.09.07

        function Table($out)
        {
***************
*** 625,631 ****
                        }
                        $string .= $this->wrap($part_string, $part);
                }
!               $string = $this->wrap($string, 'table', ' class="style_table" cellspacing="1" border="0"');

                return $this->wrap($string, 'div', ' class="ie5"');
        }
--- 628,635 ----
                        }
                        $string .= $this->wrap($part_string, $part);
                }
! //            $string = $this->wrap($string, 'table', ' class="style_table" cellspacing="1" border="0"');
!               $string = $this->wrap($string, 'table', ' class="style_table_'.$this->align.'" cellspacing="1" border="0"');

                return $this->wrap($string, 'div', ' class="ie5"');
        }
***************
*** 637,642 ****
--- 641,647 ----
  class YTable extends Element
  {
        var $col;
+       var $align = 'center'; // add 2005.09.07

        function YTable($_value)
        {
***************
*** 689,695 ****
                $rows = '';
                foreach ($this->elements as $str)
                        $rows .= "\n" . '' . $str . '' . "\n";
!               $rows = $this->wrap($rows, 'table', ' class="style_table" cellspacing="1" border="0"');
                return $this->wrap($rows, 'div', ' class="ie5"');
        }
  }
--- 694,701 ----
                $rows = '';
                foreach ($this->elements as $str)
                        $rows .= "\n" . '' . $str . '' . "\n";
! //            $rows = $this->wrap($rows, 'table', ' class="style_table" cellspacing="1" border="0"');
!               $rows = $this->wrap($rows, 'table', ' class="style_table_'.$this->align.'" cellspacing="1" border="0"');
                return $this->wrap($rows, 'div', ' class="ie5"');
        }
  }
***************
*** 760,765 ****
--- 766,777 ----

        function canContain(& $obj)
        {
+ // add 2005.09.07 from --
+               if (is_a($obj,'Table') or is_a($obj,'YTable'))
+               {
+                       $obj->align = $this->align;
+               }
+ // to --
                return is_a($obj, 'Inline');
        }

*** pukiwiki.css.php.orig       2005-01-26 00:07:26.000000000 +0900
--- pukiwiki.css.php    2005-09-07 13:06:59.000000000 +0900
***************
*** 2,7 ****
--- 2,9 ----
  // PukiWiki - Yet another WikiWikiWeb clone.
  // $Id: pukiwiki.css.php,v 1.10 2005/01/25 15:07:26 henoheno Exp $
  //
+ // modified 2005.09.07
+ //
  // Defaul CSS

  // Send header
***************
*** 163,169 ****
        color:inherit;
        background-color:#E0E8F0;
  }
! .style_table {
        padding:0px;
        border:0px;
        margin:auto;
--- 165,172 ----
        color:inherit;
        background-color:#E0E8F0;
  }
! .style_table,
! .style_table_center {
        padding:0px;
        border:0px;
        margin:auto;
***************
*** 171,176 ****
--- 174,195 ----
        color:inherit;
        background-color:#ccd5dd;
  }
+ .style_table_left {
+       padding:0px;
+       border:0px;
+       margin:auto auto auto 0px;
+       text-align:left;
+       color:inherit;
+       background-color:#ccd5dd;
+ }
+ .style_table_right {
+       padding:0px;
+       border:0px;
+       margin:auto 0px auto auto;
+       text-align:left;
+       color:inherit;
+       background-color:#ccd5dd;
+ }
  .style_th {
        padding:5px;
        margin:1px;